Nacque a Saragozza.
Dodicenne entrò con il fratello Nicola nella Compagnia di Gesù. Nel dicembre del 1762 fu ordinato sacerdote.
Tra il 1759 e il 1768 i Gesuiti furono cacciati dai domini del Portogallo, disciolti in Francia, deportati dalla Spagna, dal Regno delle due Sicilie, da Parma e Piacenza e da Malta.
Giuseppe Pignatelli prese il timone della dispersa Compagnia.
A Colorno, nel ducato di Parma, poi a Roma e a Napoli potè ristabilire case della sua diletta Compagnia, dove morì il 15 novembre 1811.
